Jüpiter'in bulutlarına renklerini veren nedir? Sıcaklığının ortalama 120 derece Kelvin (-153 derece santigrat) olduğu ve hidrojen (yaklaşık %90) ve helyum (yaklaşık %10) ile metan ve amonyak gibi az miktarda hidrojen bileşiklerinden oluştuğu düşünülecek olursa, mavi, turuncu ve kahverengi bulut şeritlerini ve somon rengi "kırmızı" lekesini açıklamak hiç de kolay değil. Mesele şu ki, soğuk bulut ısılarında Jüpiter'in atmosferini oluşturan unsurların renksiz olması gerekir! Bazıları şunu öne sürüyor: Daha renkli hidrojen bileşikleri atmosferdeki daha sıcak bölgelerden doluyor ve bulutların tepelerini hafifçe renklendiriyorlar. Başka bir görüşe göre ise sülfür gibi eser elementlerin bileşikleri bulutları renklendiriyor olabilir.

Jüpiter'in renkleri bulutların yüksekleğine işaret ediyor. Mavi en alçaktaki bulutların rengiyken, kırmızı en üstteki bulutların rengini oluşturuyor. Koyu renkli bantlara şerit ve açık renkli bantlara ise kuşak adı veriliyor. Ve Jüpiter'in yüzyıllara dayanan gözlemleri gezegenin renklerinin sürekli değiştiğini ortaya koyuyor.